东岳智算成功交付中科院国家纳米中心高性能GPU计算集群，赋能纳米科技前沿研究
近日， 东岳智算 成功为中国科学院国家纳米科学中心部署高性能通用GPU服务器集群。该项目作为国家纳米中心提升基础科研算力的核心设施，标志着 东岳智算 在支撑国家战略科技力量领域取得重要突破。 本次交付的集群系统包含 两台搭载NVID…
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OPTIMIZATION
GROMACS 与 LAMMPS 的硬件适配各有侧重
GROMACS 与 LAMMPS 面向的模拟任务、求解流程与资源侧重并不相同。同一软件在不同版本、不同力场以及不同计算模块下，对 CPU 与 GPU 的利用方式也会有差异。因此，硬件适配需要先明确您使用的软件、版本、力场与计算模块，再评估配置。
GPU 或加速包（加速相关的编译选项与功能模块）是否生效、覆盖哪些计算环节，与实际输入文件、力场和设置密切相关。并非所有计算都能通过 GPU 获得加速，需结合具体任务确认后再判断。
PERFORMANCE
以代表任务对比任务耗时与吞吐
我们建议在相同体系、力场、模拟长度与精度设置下对比任务耗时与吞吐，用您的代表性任务确认配置是否合适。多卡或多节点的性能不保证线性增长，通信与并行开销会限制扩展效果，因此需要关注 CPU 与 GPU 之间的负载是否平衡。
评估以实测为准，我们不保证多卡加速达到固定倍数，也不以单一数字代替整体判断。
评估时建议核对以下信息：
- 体系与力场：确认原子数、力场与截断等参数一致。
- 模拟设置：确认积分步长、模拟长度与精度要求一致。
- 资源分配：记录 CPU 核数、GPU 数量与分配方式，区分硬件对比与并行配置测试。
- 吞吐口径：记录任务耗时与单位时间完成的工作量，口径统一。
CONFIGURATION
按模拟需求确定配置维度
分子动力学的配置需要综合软件、体系与硬件之间的配合。我们按以下维度协助评估，具体配置结合您的任务沟通确定：
01
软件、力场与体系
依据所用软件、力场与体系规模，评估计算模块与资源侧重。
02
GPU 容量与加速支持
结合任务对加速的支持情况，评估 GPU 容量与数量。
03
CPU/GPU 配比与内存
平衡 CPU 与 GPU 的分工，并匹配内存容量。
04
通信与并发
评估单机多卡或多节点的通信与并发任务安排。
DELIVERY
联系我们
交付、部署与运行调优
交付包含服务器集成、运行环境兼容配置与性能调优支持，并按软件版本确认驱动及依赖组件。GROMACS 和 LAMMPS 均为开源软件，按各自许可部署及交付；第三方组件按各自许可与兼容要求确认。
服务器集成
完成硬件集成与基础环境准备。
运行环境兼容配置
按软件版本与依赖组件部署运行环境。
运行调优
结合任务协助运行参数与资源分配调优。
咨询时请提供：软件与版本、力场、原子数与模拟规模、现有硬件与预算。
联系电话与微信同号 192-8225-5907
FAQ
常见问题
想买一台做分子动力学模拟的电脑，东岳能提供什么？
东岳智算（北京）科技有限公司提供面向 GROMACS 与 LAMMPS 的服务器和计算集群，可根据软件、力场、体系规模、模拟任务与预算匹配 CPU、GPU 与内存配置，并提供部署与性能调优服务。
显卡越多就越快吗？
不一定。多卡往往受并行与通信开销限制，扩展效果需要以实际任务测试为准，并关注 CPU 与 GPU 之间的负载是否平衡。
应该选 GROMACS 还是 LAMMPS？
建议依据您的研究体系、力场、计算方法以及团队已有的工作流来判断。两者适用场景不同，建议按目标体系、功能支持与实际测试结果选择。
软件授权方面需要注意什么？
GROMACS 与 LAMMPS 为开源软件，部署与使用应遵守各自许可；商业软件或附加组件需另行确认其许可与兼容要求。
咨询需要准备哪些信息？
建议提供：代表输入、软件版本与力场、原子数与模拟规模、现有硬件与预算，便于评估与匹配方案。
技术参考：GROMACS 运行性能参考、LAMMPS 加速包说明。以上信息仅供选型参考。
IN PRACTICE
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